تنقســم الجرائــم التــى يتــم ضبطهـــا بمعرفـة الهيئة إلى قسمين رئيسيين:
القسم الأول:
جرائم تعد إختصاصاً أصيلاً لهيئة الرقابة الإدارية وتشمل الآتى:
١- جرائم العدوان على المال العام:
- الإختلاس.
- الإستيلاء وتسهيل الإستيلاء على المال العام.
- التربح.
- الإضرار بالمال العام سواء كان عمداً أو عن إهمال.
- الغش فى عقود التوريد.
٢- جرائم الإتجار بالوظيفة العامة:
٣- جرائم التزوير فى المحررات الرسمية.
٤- جرائم الكسب غير المشروع.
٥ـ استغلال صفة أحد الموظفين العموميين المدنيين أو أحد شاغلى المناصب القيادية للحصول أو محاولة الحصول على أى ربح اومنفعة.
٦- الجرائم المتعلقة بتنظيم عمليات النقد الأجنبى.
٧- الجرائم المنصوص عليها بالقانون رقم 5 لسنة 2010 بشأن تنظيم زرع الأعضاء البشرية.
٨- الجرائم المنصوص عليها بالقانون رقم 64 لسنة 2010 بشأن مكافحة الأتجار بالبشر.
القسم الثانى:
جرائم يتم ضبطها بالتنسيق مع بعض الجهات والتى تتولى بدورها وفقاً لإختصاصاتها أعمال الضبط وتتمثل فى الآتى:
١- التهـــــــــــرب الضريبــــــــــى .
٢- التهـــــــرب الجمركـــــــــــــــى.
٣- جرائـــــم غســــــل الأمـــــوال.
٤- الغـــــــــش التجـــــــــــــــــارى.
٥- الجرائم المتعلقة بالصحة العامة.